アプリごとの付加情報が読めなくなるだけで、ファイル自体は公式アプリから問題なく読めるはず。
CarotDAVが保存してるのは、更新日時だけだったはず。公式アプリでみると、ファイルの元々の日付ではなくアップロードした日付になっちゃうだけ