Windowsのタスクバー絡みは昔から挙動不審なのは確かだけどね
Win7も最後までタスクバーカスタマイズ時の動作が尋常じゃなく重く遅かった

でもそれはおそらくEvernoteに限って起こる現象じゃないと思うよ
スタートメニューからではなく
本体を起動してタスクバーアイコンが現れているときにピン留めしてみたらどうかね