考えられるとしたら
Evernoteは自動保存なのでOffice文書も自動保存されると思いこんで
Excelの方で上書き保存しなかったとか？

Excelの方で編集後にちゃんと保存していれば、
C:\Users\ユーザー名\Evernote\Databases\Attachments
の一時ファイルに保存されているはずだよ