開発版を更新するつもりで本番を更新してトラブったとかが時期的には一番あり得そう
次点としては外部からの攻撃とかで落ちたりハッキングされて内部から壊されたとか
夜逃げはわざわざサイト消さずに放置の方が発覚遅くなるから論外