「Docker」は*独立したユーザー環境を簡単に作れる一方、開発プロジェクトなどでは同じ開発環境をいくつも簡単に作れます。
それがコンテナの強みでもありますが、分散と集権、独立と共同、相反することができる「Docker」の使いどころとしては、共同作業を行うプロジェクトで使っていくというスタイルが最も適しているように見えます。

一方、長期的に手を入れないようなシステムや、サードパーティ製ソフトウェアや、特定のライブラリに依存するようなアプリはコンテナ化には不向きでしょう。