念の為聞きますが、バージョンは何をお使いでしょうか？
私はwin版のver0.99、現在では旧版とも言えるもの以外は触ったことはないため、それ以外のバージョンはちょっと分からないです

一応、スクリプトによる構造は変わっていないと思いますので参考に書いておきます

点滅スクリプト

描画　描画方式　描画ファンクションを半透明に
↓
描画カラー　頂点カラーにチェックして、0x00FFFFFFと入力
↓
ラベルアウト0
↓
描画カラー　頂点カラーにチェックして、0xFFFFFFFFと入力
↓
制御通過　待フレーム　30
↓
描画カラー　頂点カラーにチェックして、0x00FFFFFFと入力
↓
制御通過　待フレーム　10
↓
ラベルイン0


この方法だとラベル部分でずっとループしますので、抜け出す処理を考える必要があります
一番簡単なのはラベルの代わりにループを使う方法でしょう

後、ver0.99シリーズを使っている場合として
何やら説明を読むとタスク0で復活処理をしているようにも読めたのですが多分それだと制御できません
自機の復活処理はタスク13、プレイヤーにスクリプトを組む必要があります