α最終面でユーゼスを倒した後でイージス計画を手伝いに行こうとして
何らかの事故にあったとか外伝の攻略本だかにあった
それと肉体を失った、負の無限力に飲まれた、という情報からの推測では
少なくともユーゼスのせいで肉体を失ってはいないわけだし