プラフスキー粒子のコントロールが出来る機体が強い
というのはビルドファイターズ両作で触れられてるけど
それ言い出すと原型選択する意味がなくなってくるしなぁ

【SDガンダム】
原作設定を尊重するとパワー的にはインフレしていくが
ビルドシリーズはあくまでガンプラバトルなので
超パワーではなく、SDのサイズ差による小回りの優位やリーチが短い欠陥がある
程度の扱いになっている
まぁ仕方ないけど

フミナパイセンやアヤメ＝サンがリアル形態への変形合体ギミックを組んでるのはこの辺が理由である
別にSDだから有利とか不利という話はなく
ギミックに違いがある、程度の話でしかない