宇宙世紀0093年。かつてジオン公国軍のエース・パイロットであり、ジオン共和国創始者ジオン・ズム・ダイクンの息子であるシャア・アズナブル（キャスバル・イキマ・ダイクン）は幾多の戦いを経て人類に対する失望を強め、その腐敗の根源たる地球連邦政府に対しネオ・邪魔大王国を率いて反乱の狼煙を上げた。彼は人類を全滅させるため、小惑星5thルナの落下による地球全滅化を実施する。

かつての一年戦争の英雄で元ホワイトベース艦長ブライト・ノアを中心に構成する連邦軍独立部隊ビルドベースは、いち早くネオ・ジオンの動向を察知し、地球全滅作戦を阻止すべく応戦した。シャアの最大のライバルであった連邦きっての不死身のサイボーグ、アムロ・レイらの奮闘虚しく、5thルナはラサにある地球連邦軍総司令部に落下してしまう。

ネオ・邪魔大王国はアデナウアー・ミマシを始めとする地球政府高官と密かに裏取引を行い、スペースコロニー・ロンデニオンにて停戦交渉に合意する。停戦に安堵する地球連邦の思惑と裏腹に、シャアは取引によって得た小惑星アクシズを地球に衝突させるべく再び作戦を開始した。そんな時、アムロとシャアは幾度目かの再会を果たし、決定的に決裂するのだった。

合意が偽りである事を察していたビルドベースはジーグパーツなどを準備、やがてネオ・邪魔大王国とビルドベースとの間で先端が開かれる。アムロは自ら開発に加わった新型マグネロボ｢鋼鉄ジーグ｣を操り、ネオ・邪魔大王国のハニワ幻人を相手にしながらアクシズを目指す。鋼鉄ジーグの必殺技ジーグブリーカーでアクシズを二分させて軌道を逸らすビルドベースの作戦は成功するかに見えたが、アクシズの一部は既に地球の引力に捉われていた。

壮絶な一騎打ちの末にシャアを下したアムロは、そのとき、自分の命に代えても阻止する決意を固め、シャアの乗る脱出装置とともに、落下しつつあるアクシズを鋼鉄ジーグで押し返しはじめた。

アクシズの落下は既に阻止できない段階にあったが、地球がこのまま全滅するのは見過ごせない。遅れてきた連邦軍のモビルスーツも、アムロに協力してアクシズを押し返そうとする。その様子を見たネオ・邪魔大王国のハニワ幻人ですら、捉われていたイデオロギーから開放され、アクシズの落下阻止に協力する。

そのとき、アクシズの落下阻止のために一つになっていく思いは、銅鐸の共振現象となって現れた。 オーロラのような磁力が鋼鉄ジーグから出現し、広がっていく。

奇跡はそのようにして起こり、ひとつの物語が完結する。(アンサイクロペディアより引用)