installer版のはよくわからんが、portable版ならIronPortableフォルダ内にある
Ironフォルダの中にUA.iniつくればいいよ
--user-agent="任意のUserAgent"
みたいに" "でくくっちゃダメ

普通にメモ帳に
Mozilla/5.0 (Windows NT 5.1) AppleWebKit/534.24 (KHTML, like Gecko) Chrome/11.0.696.60 Safari/534.24
とコピペ
そしてUA.iniで保存する