地下遺跡と主人公が訪れる聖杯ダンジョンは同一のものではないでしょ

今もヤーナムの地下には遺跡があって医療教会が探索してるのは間違いないが
主人公が潜る聖杯ダンジョンには時系列的に現実の地下遺跡に存在するはずのない、ロマやエーブリエタース、女王ヤーナム等が存在する

狩人の夢や実験棟が悪夢にあっても現実に存在するように聖杯ダンジョンもまた悪夢内で地下遺跡が再現されたものだろう
ヤーナム自体が夢であるとか夢でないとかそんなことは関係なく聖杯ダンジョンは悪夢なんだよ