今更ディスクシステムの話題なんぞとうの昔に解決しておるじゃろ
FDSStickで吸出したファイルをそのままSDのGamesフォルダにぶち込めば動く
レトフリ上のタイトル表示が気になるならfdsstudyで複数ファイル一気に自動リネームで済むじゃろ