MAMEにも対応しているアーケードロムなら、
エミュレータを切り替えて、キーボードつないでTABキー押せば、MAMEのキーconfigが出てくるようなのでボタン割り当て変更出来るかもです。
自分は今使えるアケコンが無いので試せない‥