>>731
OSとROMのSDカードを別々にするだけで良いのでは？
JELOSならOS用もROM用もexfatでフォーマットして、OS用にJELOSのイメージファイル書き込んでint側に挿せば良いし、ROM用の方もexe側に挿しておけば起動する時に勝手に機種毎のフォルダも作ってくれるはず。

一枚のSDカードに全部入れたいって言うなら話は別だけど。