まあ、もうあんま需要ないだろうけど、アイテムコレクター取ってトロコンできたから一応報告までに書いとく。
>>344の一覧は2章突入後の1個目のデータで揃ってて足りないのは聖女の魂位かな？と思って別データ作って入手。
それでも取れなかったからもう、一つのデータで全部のアイテムとってやるかとマーナの法衣買ったらポロっとトロフィー取れた。

仲間の初期装備で取ったと勘違いしてるパターンと剛剣サムライ辺り確認してみるといいかも。
あと別データや、周回で入手したアイテムも換算されてるから取り直す必要無いと思われる。（レア集めてない2ndデータ側でアイテムコレクター取れた）