>>449が言っているようにSDカードのコピーは移行用の一時的にしか作れないし、3DSのバックアップ機能は対応しているDL版で古いセーブデータを保管したり、DL版本体を消すときにセーブデータを退避させるためのもの
その機能ですらFLは非対応だからどうにもならない

だから気をつけるといっても、SDカードは評判の良いメーカーの正規品を選ぶとかセーブ中に電源切らないくらいしか