>>581
自己解決しました。同様の質問が想定されうるので、解を残します。
>>254の
　　『拠点二階のトロフィーはリムレアのイベント関連のトロフィーだから、リムレア連れて専用会話追っていけば取れる
　　…はずなんだけど、自分がやった時は、なぜかリムレア（とサクラ）だけは、後追いで会話を追っても途中で会話イベントが発生しなくなるバグ（？）
　　が起きてしまったから、そうなったらリムレア連れて再周回しないといけないかもしれない 』

は今回も同様に発生します。おそらく楔の神殿深層部のキャラの立ち位置と空白の地図のモブキャラメンバーの立ち位置が被るタイミングがあるために発生するものと思われます。
そのタイミングまで進行させてしまった場合、再周回しなければリムレアのトロフィーは獲得できなくなります。
リムレアの専用会話を封印銀河まで発生させたあと、天元エリアで石碑を順に調べることで新技を覚え、トロフィー獲得となります。
再周回の場合、「もう石碑は前回読んだからいいや」とパスすることでリムレアのトロフィーだけ抜けるという事態が発生しやすいものと思われます。

今回新しくDLできるver.2では隠しトロフィーが2つ追加されましたが、それの獲得方法はノーヒントです。
妖精5体捜索ともう一つが何なのかわかりません、どなたか分かる人がいたらお願いします。