29160の方がオーソドックスなD-subハーフピッチ68ピン(内部に付いてるwide-SCSIのコネクタとサイズは同じ)で、
39160の方がVHDCIというかなり高密度な小さいコネクタだ。
どちらの方がピンが折れやすい、と言うことはないと思うが・・ 

http://www.adaptec.co.jp/product/cable/external/68pin-hd.html
↑アダプテックのこのサイトのシールド型68ピンてのが29160の方、
一番下の68ピン専用ミニチュアコネクタってのが39160の方だ。