100%になっても充電続けてるんならそれはファームウェアじゃなくてバッテリーの問題じゃないの？

一般的にリチウムイオン2次電池は端子が3つあって電池内部で保護回路が組んであって
規定値以上になったらバッテリー自体が充電を止めるはずだけど

3つ目の端子は異常発熱などの検出
http://industrial.panasonic.com/cdbs/www-data/pdf/ACA4000/ACA4000PJ4.pdf

ニッカド電池じゃないんだから、そんな粗悪なバッテリーは使うべきじゃないよ