流れ切って済まんが前のレスを修正しておく。
R8500の再起動とかで認識しない状態になって結局STPが必要っぽいのでもう少し調べた。
GS724Tの[CST Port Configuration]を見るとSTP StatusがDefaultでEnableになっていた。
これをDisableに変更してからLACPのSTPをEnableにすると接続の不安定さが無くなった。

まとめ
各ポートのSTPはDisable
LACPのSTPはEnable
でした。