>>444
正解でした！
MTU=1280にしたところ、IPIP tunnelでもウェブサイトを表示できるようになりました
telnetでも返ってきます
--
$ telnet yahoo.co.jp 80
Trying 182.22.59.229...
Connected to yahoo.co.jp.
Escape character is '^]'.
GET / /

<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd";>
(以下略)
--
MTU=1280ですが、早くはないもののVPN経由であることを考えるとそれほど速度は気になりません
http://www.speedtest.net/result/6736083226.png

>>440さんの言うとおり、GoogleやFacebookはIPv6で接続されているからIPv4のMTUの値の影響は受けず、
他はIPv4で接続されているからMTUを下げないといけないようです

ありがとうございました