スキャン終わったらアラートは出なくなった。一安心。
出ていたのは「The file system is not clean.」でした。

スナップショットも試そうかと思ったけど、既存のシステムをスナップショット化は出来ないっぽいのかな。
2ベイモデルって時点でダメなのかね。