論理ファイルサイズ ≠ 実ファイルサイズ
という古典的なトラップではないかと思ってみたり

例えば
　1byteのファイル1,000個で1,000byte
ではないから
上記の例と
　1000byteのファイル1つ
を比較すると、ディスクを占める実領域は後者の方が少ない

ちんまいファイルとかの数が多くなるとその傾向は高くなる