その状態で動いているのはラッキーなので読み取れるうちに出来るだけデータをコピーする
読めないところは諦めて読めるところだけ別のディスクにデータをコピー(移動ではない)しよう

もっともコピーできたデータも正常なファイルであるか保証できないし
フォルダ構造が壊れており意図したとおりにファイルがコピーできない可能性も高い