atom66をwindows上でJIS配列的に使うために大分頭使ったので聞いてほしい
前提として、キーボードレイアウトは日本語108でwindows側に認識させておく

自分が普段使うキーでatom(US配列)に無いのは
①無変換(IME-OFFに割り当てて使う)　②変換(IME-ON割り当てて使う)　③\|　④\_

逆にatom上で使わないキーは
⑤`　⑥capslock　⑦右ctrl　⑧delete

atom上には無いがJIS/US両方にあって、使わないキーは
⑨insert　⑩scrlock

そこで、atom66のキー変更で以下に割り当て
・⑤`→⑩scrlock　　・⑧delete→⑨insert

レジストリ変更(Change Key等)でwindows内部のキーの割り当てを変更
・⑩scrlock→\|　・⑨insert→\_

atom66のマクロでスペースバーの左右にあるキー（無変換/変換キーの位置のキー）に普段使わないショートカットを割り当て
例えば、ctrl+shift+spaceとか
これをIME側の設定でIME-ON、OFFに割り当てる

このマクロ用に使われたキー(自分の場合は左右Fn)は、atom66の以下のキーに割り当てる
⑥capslock　⑦右ctrl

これで普段のJISキーボードと大体同じような配列になった