>>6
オートホーム自体はできたり、その他の部分は問題無く動くの?

ピンの指定が間違ってるとかはないのかな?
SKR-mini-E3 V2だと

[bltouch]
sensor_pin: ^PC14
control_pin: PA1

多分こんな感じになると思うんだけど