１．サイボウズ止める（数分？）
２．サイボウズ関連データの入ってるボリューム丸ごとスナップショット取る
３．サイボウズ再稼働（数分？）
４．スナップショット取ったボリュームからサイボウズのデータのバックアップ（半日くらいかかってもじっくりやればいい）

こうすれば、サイボウズ止める時間は１０分もあれば済むし、確実にバックアップ取れるじゃん
深夜のだれも使ってない時間に１０分止めればいいだけ
商用DBみたいに稼働中に止めなくても確実にバックアップ取れるようなしくみがあればいいけど