OS ： FreeBSD 7.1 32bit → FreeBSD 9.1 64bit
Webサーバ： Apache 1.3 → Apache 2.2
Perl Perl 5.8.9
Python Python 2.7.3 → Python 2.7.5

春頃にサーバのバージョンアップを行ったみたいなのですが
それからというものSSIの
<!--#exec cmd="./なんとか.pl"-->
こういう形式が動かなくなってしまいました。
exec cgi〜の方なら動くのですが。
試しにいくつかのSSIプログラムをテストしてみましたが、特定のものがどうより
やはりexec cmd〜のがダメみたいです。
今まで愛用していたのを使いつづけたいのですが
何か良い方法は無いでしょうか？