Let's Encrypt自体はずっと無料だけど…。

3年も経てばAndroid7.1以下のシェアなんて無視できるくらい少なくなってるから無問題。
むしろそれでも使ってるセキュリティ意識の低いユーザーは切り捨ててスマホ買い換えを促した方が本人のため。
※ちなみに7.1以下が対応できなくなると言ってもSSLのセキュリティ警告が出るだけで閲覧するを選択すればサイトが見れないわけではない。

ちなみに。別の話題でGoogleがChromeにルート証明書を持たせるようにするかも、という話があって、
もしそうなったら古いスマホでもChromeアップデートすればLet's Encryptのルート証明書が
認識できるようになるはずだから3年後以降も大丈夫かもね。アップデートが提供されれば、だけど。