80と443のアクセスログを分離して、certbot renewの挙動を確認してみました。
結局の話、443へのアクセスを規制していてもcertbotは、ドットで始まるディレクトリ
を作ってるから、80から443へのmodrewriteの自動転送ルールは効かず、
certbotは80だけを見てるってことなのか
参考になりました