Indigo で、16GBインスタンスを使っているんだけど、
急に、LibreSWANで張ったIPsecトンネルの通信で、パケロスするようになった。
（トンネルのアウターのグローバルアドレス通信では問題なかった。）

pingをうつと、3% packet lossとか、エラーパケットとかのカウントも上がる。

念の為、対向のホストを別の所にしてみたけど症状は変わらなかったので、
Indigo側での問題だと思う。

LibreSWANでIPsec張っている方問題ないですか？

インスタンス置き換えて再テストしてみるしかないかな。