ミルで新しいページ作ってソースモードにして
<!--NOEDIT--><!--/NOEDIT-->でJavaスクリプトを囲むといいよ。

<BODY>
<!--NOEDIT-->
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">使いたいJavaスクリプトを入れる</SCRIPT>
<!--/NOEDIT-->
</BODY>

みたいに。
プレビューモードにしたら囲った部分が三角のアイコンになってるけど、
ブラウザで見たらちゃんと表示されるので、そんままup。
<!--NOEDIT--><!--/NOEDIT-->で囲ってたらミルで保存してもその部分は勝手にイジられないです。
後は普通に作っていけばok。

ftpは他の使ってるんで判らんです。