SEOと管理のしやすさでしょが。
別ファイルに別けれるなら別けたほうがいいにきまってるだろ。

もちろん場合によってはもう別けないで混ぜといたほうが管理しやすいこともあるだろうが
多くの場合で別けたほうが当然効率いいわな

あと負荷どうこう言ってるのが居るが
ブラウザでキャッシュが効く以上、全HTMLに重複した内容書かれてるよりは
それが１つにまとまったほうが負荷面でもいいにきまってる