今更2002のユーザーですが、
先ごろからデータのアップ時に毎回全データを転送するようになってしまいました。
全データの転送に六時間ぐらいかかり困っています。

・2009の解決例
1.ホームページNinjaを起動し、現在編集されているデータを開きます。
2.[ファイル]-[ホームページの設定]をクリックして[OK]ボタンをクリックします。
なお、上記の操作を行ったうえでの最初のFTP転送は[すべてのファイルを転送する]になります。
2回目以降のFTP転送の際に｢変更されたファイルを転送する｣のファイル数が正常であるかどうかをご確認ください。

これを試しましたが、二回目以降も全データをアップしています。
どこをいじれば解決するのか教えていただきたいです。
サポートも終わっているようなのでよろしくお願いします！