>>32
はい分離すべきです。

jQuery（JavaScript）とPHPのコードは混ざってはいけません。
そもそもJavaScriptのコードは外部ファイルにするものです。
つまりJavaScriptの中にPHPコードを入れることは出来ません。

タグに値を埋め込むか
<input value="PHPのコード">
<span data-value="PHPのコード">

変数定義だけのscriptタグ（※変数定義であってコードではないからOK）
<script>var data = "PHPのオブジェクトをJSON出力したもの"</script>

許されるのはこれだけです。