コンテナ要素をfixedにして画面全体に広げ、flexコンテナにして
justify-content: center;
align-items: center;
で中央配置すればいいのでは？と思ったのですが
これだとコンテナが他の要素にかぶさって、表示されている間は操作できなくなります
モーダルウインドウならその方が都合がいいですが、
コンテナは他の要素を邪魔せず、センタリングした要素は他の要素より上に来て欲しいです。
コンテナのz-indexを負数にすると他の要素より下に来ますが、
そうするとセンタリングした要素まで他の要素の下に入り込んでしまいます
サイズが任意の場合はJavaScriptで計測して設定するくらいしか方法はないでしょうか