状態が要素の外側の見た目振る舞いに関わるものならclassで良い
例えば一度クリックされたボタンに永続効果をつけるためのクラス「clicked」とか

そして中身の内容にしか関わらないものであればdata-*が良い
商品を読み込んでDOMに書き出すスクリプトと
商品を絞り込むスクリプトが独立してあった場合
その間でやり取りするために使う商品の種類情報など

ただ特にスクリプトから要素を検索しないといけない場合はそれなりのコストがかかるので、
そういうスクリプトを統合して、状態をスクリプト中に持たせたほうがスッキリする場合もある