> bootstrapってjQuery必須でprototype.jsと競合するから使えないんだよね
使える。jQueryは他のライブラリと混ぜて使えるように設計されており
jQuery.noConflict(true); をすれば $ はprototype.jsに解放される。
その状態でもbootstrapはjQueryを使って動作するし、
$の代わりにjQueryを使うことで自分もjQueryを使ったコードを書くことができる。

> bootstrapもprototype.jsで作ればいいのになんで頑なにjQueryなんだろ

prototype.jsは標準のJavaScriptオブジェクトを拡張している。
そのせいでprototype.jsで追加拡張されたreduceと、
標準で作られたreduceで仕様が異なっており互換性問題が発生した。
これはプロトタイプ汚染やオブジェクト汚染と呼ばれバッドプラクティスとなった。

その問題もあり、prototype.js よりも安全で使いやすいjQueryが登場し
prototype.js は急速に使われなくなった。prototype.js は1.7系が9年前に公開され
あとはバグ修正のみでそれも3年前でもはやメンテナンスされてない状態
最新のブラウザで動くかどうかも怪しく使う意味がない。

それに対してjQueryは3.4.0が今年の4月、3.4.1が5月にリリースされており、
4.0がリリースされることもアナウンスされている