汎用クラス .on があったとして
表示させるためのプロパティがdisplay:blockだったとすると
flexでレイアウトしていた要素は非表示から表示時にflex状態で復帰できないとか
display:noneで非表示してしまうと再表示時に再度コンテンツの読み込み直しになるとか
そういうところが不便ってことじゃなくて？