■作品製作のためのCodec(コーデック)
殆どの編集ソフトにおいてMPEG4や、ＭＰ３は編集素材として適しません
(今後、HDV編集用にMPEG４への対応は進むものと思われますが、DivxやXvid、ＷＭＶは使えないとみて良いでしょう )
又、MPEG系コーデックはファイルの構造上フレーム単位の編集が苦手です。
素材にDivxやXivd、WMVを扱える編集ソフトも多少有りますが、ソフトが異常終了してしまう確率は非常に高いので避けた方が良いでしょう。
今まで編集出来てたから〜は単に運が良いだけです。

そのため、作業中の中間ファイル用コーデックと、配布ファイル用のコーデックは分ける必要性があります。
中間ファイル用としては無圧縮や、可逆圧縮、DV、連番静止画、が一般的です。


動画の可逆圧縮としてはHuffyuvやＬＣＬを使っている方が多いですね。
音声の可逆圧縮は編集ソフトとの相性があまり良くないので無圧縮のWAVEで扱うのが良いでしょう。

■コーデックへのリンク
Huffyuv
ttp://cowscorpion.com/Codec/HuffYUV.html
LCL
ttp://www.geocities.jp/sandk_project/LRC.htm