たとえばニコニコ大百科だと
「ウヴァ」(正式名)の読み仮名が「ウヴァ」
「ウヴァさん」(あだ名)の読み仮名が「ムシケラ」
こんな感じになってるのが自分の中では正解
正式名の記事は正しい読み仮名、ネタ記事はネタ読み仮名でいい
「ジオウトリニティ」「マグネロボガ・キーン」は正式名だから正しい読み仮名がふさわしいと思う