神社本庁離脱
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日光東照宮　1985年離脱
明治神宮　2004年離脱（2010年に復帰）
気多神社　2010年離脱
梨木神社　2013年離脱
富岡八幡宮　2017年離脱

この様に離脱が止まらない理由については複数の書籍にてさまざまな見解がなされている。
一つは神社本庁が官僚的すぎて地方の社殿の困窮に無頓着であること。
また、地域における大社が、給与などの待遇面においては神社本庁より上である事例も複数あることから、
絶好の転職先ポストとして利用している側面、
またその際の口実として地域の押した女性の宮司の着任を認めなかったり排除する事例が
多々発生していることなどによる騒動の末に次々と離脱している。