そういう社内規定を作っておけばいけるかも
だけどまぁ税務署次第じゃないかな…

俺も奥さんと二人の会社だけど
そもそも小規模なうちに税務調査来てさらにそこを突っ込まれる可能性は低いだろうし
健康診断とか生活習慣病健診くらいなら更正くらって所得扱いになっても大した金額にならないだろうし
ってことで福利厚生費で計上してるよ