今北

私が「便座を下ろした」ということは、その前にトイレに入った智央が便座を上げていたということ。
そこから智央は男性であり、小便をしていたと推測できるが、「しばらくすると、トイレから出てきた。」ということで、小便にしてはやや時間が長い。
ここは別の理由で智央が便座を上げたと考えるのが妥当。

智央＝男性がミスリードで、智央が女性であるならば、彼女が便座をあげて行った行為は「嘔吐」が第一に考えられる。
そこに、人目を避けて実家にこもる行動、朝ごはんを「いらない」とした言動を加味すると、父親の口から出た言葉はこうなる。

「智央、もしかして、妊娠している のか？」