京急が北寄りになるのと新駅という2つの要素があるからね。
京急だけなら接続改札が今の大井町側から田町側になると思われる。もしかすると更に北側に新設になるかも。
そうすると山手線と京浜東北はホームを北側に延伸というか伸ばして停車位置を延伸した北側に移すのかも。
現状のままでは延伸できないから1線づつ伸ばさないといけない。
最終的に伸ばした1〜4番に戻すけど一時的に2〜5に順次していくのかなと。
北側に伸ばすときに引き上げ線のスペースは犠牲になるからホーム折り返しするために渡し線を付けたんだろうな。

勝手な予想です。