京都山科間は外側線で支障
→山科でサンダーバード抑止
→内側線の新快速が大津京まで先行
(そうしないと琵琶湖線全体の遅れが拡大)
→大津京で新快速がサンダーバードを待避

ということかなと

サンダーバードが遅れてるとよく
山科の先の長等トンネル手前で湖西線普通が待ってくれてることがある
同じ感じかなと