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長野と新潟のE235系の塗装は基本的には湘南色だが、三鷹・長野・新潟の115系や169系が纏っていた塗装をE235系にリバイバル塗装として実施している。
このE235系導入と同時に越後線系統の12連運転を開始し、柏崎〜吉田〜新潟〜新津の各駅が12両対応に、その他の信越線各駅が10両対応に、その他の信越地区電化区間各駅と中央西線中津川以北各駅が8両対応に改良された。
横須賀色・三鷹色・信州色は長野車8両編成、旧長野色・コカコーラは長野車4両編成、弥彦色・一次新潟色・二次新潟色・懐かしの新潟色・三次新潟色は新潟車6両編成に施されている。
また、新潟車と長野車の4連運用は共通運用で、4＋4の8連運用は長野車の8両固定編成で代走することもあるので、ラッシュ時に最大12両編成で運行される越後線では運が良ければ「ろくもん」以外の全ての塗装が見られる可能性もある。