振り替え輸送で調布から新宿に行きたい場合。

調布駅--（定期）--明大前駅--(PASMO)--新宿駅

明大前までの定期があって、その先はPASMOで払うつもりの場合って、
振り替え輸送で中央線か小田急経由で新宿に行くことになるけど、
明大前〜新宿の運賃はどこで払えばいいの？
それともこういう場合って振り替え輸送の対象外？