話の流れから外れてしまうが、自分も予想してみる。
書いたらかなり長くなってしまった。

JRの発表は新快速「区間」であって新快速ではないから、
特急系統再編のみと予想する。

北陸新幹線敦賀開業のタイミング(22年度=23年春)
で北陸系統の特急を姫路〜大阪〜敦賀(新快速区間)にする。運転間隔は30分毎。
(料金については予想がつかないので触れない)
新快速はいじらない。

メリットとしては
・在来線特急系統の再編ですむ。
・特別なシステムを開発する必要は無い。
・「失敗」したときのリスクが少ないと考える。
失敗したときに姫路〜大阪の区間短縮ですむ。
多少特急車両に余剰が出るがそれも転属させれば良い。

普通車指定席やグリーン車自由席だと以下の課題を
解決するのが困難な気がする。
・ホームの延長が難しい。(中央線快速の例での進捗の遅さを考えれば・・・)
・ホームを延長しない場合、普通車を減車しなければならないので混雑度に悪影響が出る。
(京阪は残念ながら乗客がかなり減ってしまったから出来たとも考えられる。
新快速はかなり乗客が多いのではないか)
・「失敗」したときに車両はどうするのか、改造するにも時間と金がかかる。
(一応、現行の転換クロスで金を取る案なら回避可能)

あと、普通車指定席案特有の課題として列車愛称と号数が必要になるが
（確か、マルスで指定席扱うにはこれが必要だと聞いたことがある）
「新快速」ブランドに悪影響の可能性がある。
新快速はただの「新快速」だから良いのであって、
列車名が必要になるとそちらを重視しなければいけなくなり、
「新快速」の名称の価値が薄まるのではないかと思う。

だから、特急系統再編してお茶を濁して終わりだと思う。