13000系に編入するのもいいけど、
3000系の車体構造は10000系に近く、13000系とは微妙に違う。

3007Fに4両（先頭Mc車2両、中間M車1両、P車1両は新造）、
10003Fを7連化するのに2両（ロング改造、M車は9005Fから9605を抜いて活用）だと
1両も余すことなく有効に使えると思う。